Από το ξεκίνημά της η Ελληνική Εταιρία Προστασίας της Φύσης πρωτοστάτησε στη δημιουργία Εθνικών Δρυμών και Προστατευόμενων Περιοχών, στον εκσυγχρονισμό της ελληνικής περιβαλλοντικής νομοθεσίας και στην προστασία βιότοπων και απειλούμενων ειδών πανίδας και χλωρίδας.
Εμπνευστής της ίδρυσης της ΕΕΠΦ και πρώτος Γενικός Γραμματέας της ήταν ο Ιάκωβος Σαντοριναίος, μέλος του Ελληνικού Ορειβατικού Συνδέσμου (ΕΟΣ), με πρωτοβουλία του οποίου το Υπουργείο Γεωργίας είχε πεισθεί να ιδρύσει, το 1938, τους Εθνικούς Δρυμούς Ολύμπου και Παρνασσού, φέρνοντας τότε την Ελλάδα μεταξύ των πρώτων ευρωπαϊκών χωρών με προστατευόμενες περιοχές.
Τα περισσότερα ιδρυτικά μέλη της ΕΕΠΦ προέρχονταν από τον ΕΟΣ και πολλοί ήταν σημαίνουσες προσωπικότητες των επιστημών και των γραμμάτων, πρωτοπόροι ως προς τον προβληματισμό τους για τα θέματα περιβάλλοντος και μάλιστα σε εποχή που η οικολογία και η προστασία του περιβάλλοντος ήταν άγνωστες λέξεις, αλλά και έννοιες. Έντεκα μέλη της ήταν πανεπιστημιακοί, και έξι ήταν, ή έγιναν αργότερα, Ακαδημαϊκοί. Ανάμεσά τους και οι Ηλίας Βενέζης, Σπύρος Μαρινάτος, Καίσαρ Αλεξόπουλος, και Μάξιμος Μητσόπουλος, ο οποίος ήταν ο πρώτος πρόεδρος της ΕΕΠΦ. Αμέσως μετά την ίδρυσή της, το 1952, με τη σημαντική συμβολή του Ηλία Βενέζη, εκδόθηκαν τα πρώτα φυλλάδια για μαθητές και δασκάλους με θέμα τη φύση και την ανάγκη προστασία της που στάλθηκαν σε όλα τα σχολεία της Ελλάδας–σχεδόν σαράντα χρόνια πριν από την θεσμική αναγνώριση της σημασίας της περιβαλλοντικής εκπαίδευσης στη χώρα μας.
Ο βασικός στόχος της ΕΕΠΦ ήταν η προστασία της φυσικής ομορφιάς και της άγριας ζωής στα πλούσια οικοσυστήματα της Ελλάδας. Το φαράγγι της Σαμαριάς ήταν το πρώτο μεγάλο και επιτυχημένο βήμα της νεοσύστατης ΕΕΠΦ. Με συνεχείς προσπάθειες μιας δεκαετίας επιτυγχάνει την ανακήρυξη του Εθνικού Δρυμού της Σαμαριάς (1962) και την προστασία του Κρητικού Αίγαγρου.
Στις δεκαετίες του ’60 και του ‘70 η ΕΕΠΦ ασχολείται με το Δέλτα του Έβρου και εστιάζεται στην προστασία της Πρέσπας που κορυφώνεται με την ανακήρυξη Εθνικού Δρυμού Πρεσπών το 1974.
Το 1971 είναι πιθανόν η κορυφαία μέχρι σήμερα στιγμή των 70 χρόνων της ΕΕΠΦ αλλά και στην ιστορία της προστασίας της ελληνικής φύσης: Η υπογραφή της διεθνούς σύμβασης RAMSAR για την προστασία των υγροτόπων. Τότε, στις 2 Φεβρουαρίου 1971, στην πόλη Ramsar του Ιράν η χώρα μας εκπροσωπήθηκε από τον Βύρωνα Αντίπα, γενικό γραμματέα και ψυχή της ΕΕΠΦ για 35 χρόνια – ίσως την κορυφαία φυσιογνωμία στην ιστορία της προστασίας του φυσικού περιβάλλοντος στην Ελλάδα.
Η ΕΕΠΦ επικεντρώνεται παράλληλα στην καταγραφή της κατάστασης σημαντικών υγροτόπων της βόρειας Ελλάδας, ξεκινάει αγώνα για την προστασία απειλούμενων ειδών πτηνών ενώ το 1979 θέτει για πρώτη φορά τον μεγάλο κίνδυνο από τα δηλητηριασμένα δολώματα – που δυστυχώς παραμένει ακόμη μεγάλη πληγή. Την ίδια περίοδο αναδεικνύει την ανάγκη προστασίας των πληθυσμών της μεσογειακής φώκιας και της θαλάσσιας χελώνας .
Τη δεκαετία του ’80 η ΕΕΠΦ αναδεικνύει τη σημασία των Δέλτα του Λούρου και του Άραχθου στον Αμβρακικό, της Αλυκής Κίτρους στην Πιερία, της λίμνης Κερκίνης, της Οίτης και της Ροδόπης και της λίμνης Ισμαρίδας.
Τη δεκαετία του ’90 η ΕΕΠΦ πρωτοστατεί σε περιβαλλοντικούς αγώνες και συμβάλλει στην ακύρωση του νόμου «περί βοσκοτόπων» ενώ σημαντική στιγμή είναι η συμμετοχή της στην ίδρυση της Εταιρείας Προστασίας Πρεσπών, η οποία άλλαξε το μέλλον της περιοχής και αποτελεί μέχρι σήμερα ένα πρότυπο ολοκληρωμένης διαχείρισης σε ελληνικό και διεθνές επίπεδο.
Τις δεκαετίες αυτές, μέσα από τις συνεχείς προσπάθειες του Β. Αντίπα για την προσέλκυση και τη στήριξη νέων, η ΕΕΠΦ γίνεται το φυτώριο για τη δημιουργία άλλων, πιο ειδικευμένων ως προς το αντικείμενο, περιβαλλοντικών οργανώσεων, όπως η Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία, ο Σύλλογος για την Προστασία της Θαλάσσιας Χελώνας «Αρχέλων» και η Ελληνική Εταιρεία για τη Μελέτη και Προστασία της Μεσογειακής Φώκιας “Mom”.
Το 1992 η ΕΕΠΦ αναλαμβάνει το πασίγνωστο σήμερα πρόγραμμα «Γαλάζιες Σημαίες». Επίσης συμμετέχει από τον επόμενο χρόνο, ενεργά μέχρι σήμερα, στην εκστρατεία κατά της εκτροπής του Αχελώου.
Ξεκινώντας από το 1995, η ΕΕΠΦ συντονίζει πέντε Δίκτυα Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης, τρία διεθνή και δύο εθνικά, όλα εγκεκριμένα από το Υπουργείο Παιδείας. Στα Δίκτυα αυτά συμμετέχουν τα τελευταία χρόνια, πάνω από 500 σχολεία ετησίως (νηπιαγωγεία, δημοτικά, γυμνάσια, λύκεια) από όλη την Ελλάδα, με χιλιάδες μαθητών. Σε όλα τα Δίκτυα καθοριστικό και απαραίτητο στοιχείο είναι η ενεργός συνεργασία με τις τοπικές κοινότητες. To 2009, ξεκινά από την ΕΕΠΦ και το πρόγραμμα Green Key για τις τουριστικές επιχειρήσεις στην Ελλάδα.
Η ΕΕΠΦ εκπροσωπεί στην Ελλάδα το διεθνές Ίδρυμα για την Περιβαλλοντική Εκπαίδευση (Foundation for Environmental Education – FEE), και χειρίζεται, από το 1992, τα πέντε του παγκόσμια Προγράμματα Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης και Ευαισθητοποίησης. Από το 2016, η ΕΕΠΦ συμμετέχει στο Διοικητικό Συμβούλιο του FEE με εκπρόσωπο τον νυν πρόεδρό της, Νίκο Γ. Πέτρου. Είναι επίσης μέλος διεθνών περιβαλλοντικών οργανισμών όπως η Διεθνής Ένωση για τη Διατήρηση της Φύσης (International Union for the Conservation of Nature – IUCN).
Συνεργάζεται στενά με άλλες μεγάλες ελληνικές περιβαλλοντικές ΜΚΟ σε κοινούς στόχους, με φορείς του Δημοσίου και της Τοπικής Αυτοδιοίκησης, καθώς και με οργανώσεις, ιδρύματα και πανεπιστήμια του εξωτερικού για την υλοποίηση διακρατικών έργων προστασίας της φύσης. Για να επιτελέσει την αποστολή της βασίζεται, εκτός από τα μέλη του Διοικητικού της Συμβουλίου και τα στελέχη της, σε εκτεταμένο δίκτυο εθελοντών, πολλοί από τους οποίους είναι πανεπιστημιακοί και ειδικοί επιστήμονες.
Σήμερα η ΕΕΠΦ δραστηριοποιείται σε πέντε κύριους τομείς: περιβαλλοντικές παρεμβάσεις, έργα και προγράμματα προστασίας της φύσης με τη συμμετοχή ή τον συντονισμό, μεταξύ άλλων, σημαντικών ευρωπαϊκών έργων LIFE, περιβαλλοντική εκπαίδευση, αειφορική διαχείριση στον τομέα του τουρισμού με τα προγράμματα «Γαλάζια Σημαία» και “Green Key” και ενημέρωση και ευαισθητοποίηση του κοινού.
Για το έργο της έχει τιμηθεί από την Ακαδημία Αθηνών, το Συμβούλιο της Ευρώπης και το Ίδρυμα Ford.
Χαρακτηριστική για τον τρόπο δράσης της ΕΕΠΦ είναι η τοποθέτηση του τότε Γενικού Γραμματέα της, Πέτρου Μπρούσαλη, στην ομιλία του κατά την πανηγυρική εκδήλωση για τα 40 χρόνια της Εταιρίας το 1991:
«… Από την ίδρυσή της, η οργάνωσή μας έχει αποφύγει την υιοθέτηση ακραίων θέσεων στα θέματα προστασίας του περιβάλλοντος. Πιστεύει πάντοτε ότι η πρόοδος σ’ αυτόν τον τομέα μπορεί να επιτευχθεί μόνο με ρεαλιστικά σχέδια και προγράμματα που κινούνται μέσα στο πλαίσιο της εφικτής πραγματικότητας…
Χωρίς την κατανόηση και τη συναίνεση της κοινής γνώμης είναι δύσκολο να ληφθούν τα απαιτούμενα μέτρα και ακόμη περισσότερο να εφαρμοσθούν αποτελεσματικά…»